「これらの管理が契約に反していないか不安」とのことですが、その場合そもそもの契約がわからないと回答しにくいのではないでしょうか？

それとも、①②③でそれぞれ異なる稼働時間管理をしており、どれを正とするのかあいまいで困っているということでしょうか？

または、準委任契約なので時間管理をすることがそもそも適切ではないのではないか、というご相談でしょうか？

すみませんが自分はご質問の意図が汲み取れませんでした。自分の知識不足で変なことを言っていたらごめんなさい。

トラブルを避けるためというか、準委任でやってるのに管理され過ぎてしんどいみたいな感じですよね？

いわゆるSES契約のメンバーを常駐させてシステム開発してるようなエンタープライズでこういうの結構見たことがあるので、ある、ないでいうとたまにある現場かなと思います(程度はもちろん色々ですけど)。

こういう管理を嫌って、こういう案件持ってくるなよみたいなことをエージェントに伝えてる人はいるみたいです。

①に関しては厳密な出退勤管理は準委任契約の範囲外と言えますが、

②③の日報や工数入力は、業務の進捗や成果を報告する手段として契約範囲外とは言いにくいと思います。

ただし業務の遂行に支障をきたすなら話は別で、①〜③を実施することで稼働の1割を割かれるとか伝えて、③は週次の報告にしてもらうことが落としどころでしょうか

JTCなら定番な気もしますね

残念ながら他にもメンバーがいるならあなたのために今から変えることは難しいので、我慢できないなら別の契約を探した方がいいと思います

質問者さんがどうしたいかかをかかないと的確な回答は得られない気がします

管理されすぎてしんどいっていうのは作業そのものがいやなのか時間外でやっているのがいやなのか

前者なら同じような効果を得られる方法を提案する。具体的な内容はわからないダメここの人たちはアドバイスできない

後者なら工数の問題を相談するかなと思います

とんちんかんな回答が少し見受けられたのでコメントです

https://freelance110.mhlw.go.jp/ で相談しましょう

個人的には偽装フリーランスの疑いが高いと思います

※私は過去に似た話題のスレッドにもフリーランス101を貼ってる者です