ご質問は、新卒入社のメンバーシップ型・ゼネラリスト的な世界観の中で、レジュメの絶対的な強さ弱さを問うているように感じます。それは日系企業では自然ですが、転職は、少なからず過去のポジションでの実績と応募先ポジションの、スペシャリスト的な観点のマッチングで行われるものです。なので、転職活動時に応募するポジションも運用系ならば、他の仕事をしている人よりは（ご本人のお言葉を借りるなら）強いわけです。

・・・というのが前提ですが、開発と運用の経験で比べるなら、やはり開発の方が魅力的に映るのが現実です。DevOpsではDevに主導権があり、software definedの仮想化／クラウド環境では、インフラ運用の自動化を開発者が行える機能がそこにあるからです。SREも、ソフトウェアエンジニアが運用まで担うという概念から来てますし（一般論なので、個別の異論は出てくるでしょう）。

少し極端かもしれませんが、運用保守経験が皆無な開発者は運用始まってからのことを考えられていないケースが多いため、運用保守の経験も大切だと思います。前の方が言ってるように転職では職務経歴に基づいたポジションにめがけていくことがほとんどですから手がける工程に強い弱いはなく、職務経歴と応募ポジションのマッチング度合いで強い弱いが決まるのだと思います。(大きなシステムの保守のリーダーと運用オペレーターでは大きな差)

普遍的な人材としての価値ということであれば確かに開発人材の方がよく見られる傾向はあると思いますが、24365の重厚なシステム(例えば銀行勘定系)やユーザーの多いwebサービスの保守をやってる人はそれなりに高給取りなイメージです。

ヘルプデスクや運用系の仕事から、プリセールスに転職した経験がある者です。

どのポジションでも、今まで何を成し遂げたかが大切だと思うので、保守や運用系プロジェクトのSEだとしても、成し遂げたことが面接で話せれば、未経験の職種だとしても、採用いただけると思います。

過去は変えられないので、いかに自分を売り込むかが重要だと思います。

運用だから開発だからと単純化はできないでしょう。

結局は運用というフェーズの中で何をしているかで変わってくるかと思います。

開発を名乗っているエンジニアにもアプリケーションの保守やベンダー取り次ぎをしているだけの人間が山のようにいるので・・・

運用フェーズを受け持つエンジニアでも顧客や開発者との接点をポータルで統合したり、API化した作業を追加したり、ログやリソース使用状況の可視化を実現するなどの継続的な改善のための開発作業をしていたり、様々な業務プロセスを自動化・サービス化する運用エンジニアもいます。

現場では「今の状態を変えたくない」という意見が大半かもしれませんが、もしチャンスがあれば改善活動などで自分のレジュメへ追加できるものを探されると良いかと思います。

私はキャリアの最初はデータセンターでネットワーク機器へコンフィグをコピペするだけが仕事でしたが、上で挙げたような改善活動を通じて経験を積むことが出来、今はソフトウェアやサービスを提案する立場になりました。

生存バイアスかもしれませんが、私はこれまで特に転職時に困ったこともなかったので、特に運用SEだからと悲観することはないと思います。

ただ言われた仕事だけやってる場合はどこかで頑張る必要はあると思います。

運用設計やサービスマネージャー、CSMなどがちゃんと出来る人材は案外と希少で、ベンダーやコンサルサイドの理屈としてもストック収益に貢献することは十分評価に値するため、価値高いと思いますよ。