成果さえ出していれば正直いくら休んでも何も言われないのでもう日系では働けないなあと思ってしまいます。

実際に休んだ日と勤怠システムの記録が一致していないうえに、未報告のままだと、監査などで確認された際に不利になる可能性がありますね。上司に報告して、修正してもらった方がいいと思います。

自社はフレックスで1時間でも働けば勤務扱いなので、有給貯まりまくりです

スマホでちょいちょいSlack見てたら1時間働いた扱いにしてたりしますし

カレンダーでPTOって入れといたら多分バレませんねうちも。